Orateur
Description
Introduction
Cette étude visait à démontrer que le matériel génomique du SARS-CoV-2 peut être isolé à partir de bandes de cassettes de test de diagnostic rapide COVID-19.
Méthodes
Il s'agissait d'une étude impliquant des patients admis dans des centres de traitement et des sites sentinelles mis en place au cours du projet AFROSCREEN dans la ville de Conakry, en Guinée au cours de l'année 2022. Au total, 121 patients ont fait l'objet d'un double échantillonnage et 9 autres patients ont été testés uniquement pour le TDR. La PCR a été réalisée selon le protocole du kit RunMei. Le séquençage a été effectué en utilisant le protocole illumina COVIDSeq. Neuf TDR COVID-19 sans prélèvements nasopharyngés ont également été testés.
Résultats
Parmi les 130 TDR COVID-19, quarante-sept (47) étaient macroscopiquement positifs, tandis que soixante-douze (72) étaient positifs selon la PCR à l'aide de la bandelette TDR, tandis que parmi les 121 écouvillons VTM, soixante-quatre étaient positifs. Parmi les quatre-vingt-trois COVID-19 RDT négatifs, vingt-sept étaient positifs par PCR utilisant la bande RDT avec une moyenne géométrique de la valeur Ct de 32,49 cycles. Comparées à celles de la PCR utilisant le VTM, la sensibilité et la spécificité de la PCR utilisant la bande RDT ont été estimées à 100 % et 85,96 %, respectivement, avec une précision de test de 93,39 %. Parmi les quinze extraits COVID-19 RDT éligibles pour le séquençage, onze présentaient des séquences identiques à celles obtenues par la méthode standard, avec une couverture comprise entre 75 et 99,6 %.
Conclusion
Ces résultats montrent que les COVID-19 RDT peuvent être utilisés comme matériel biologique pour la surveillance génomique du SARS-CoV-2.
Mots clés : COVID-19 RDT, Diagnostic moléculaire, Surveillance génomique
| Section | Recherche originale |
|---|---|
| Mot-clé 1 | COVID-19 RDT |
| Mot-clé 2 | Diagnostic moléculaire |
| Mot-clé 3 | Surveillance génomique |
